期货套利交易是一种风险小、预期年化收益稳定的交易方式。但期货套利也存在局限性，并不是所有的期货合约都有相同或相似的替代品的。下面详细介绍期货套利的五点局限性。编辑整理。
1.有些期货合约没有完全相同或者非常近似的替代品
Scholes（1972）认为，能否为某种既定的证券找到完全相同或近似的替代品，是套利行为能否发挥作用的关键所在，如果有这样的替代品，就能通过多种方法得到不同情况下既定的现金流。只有在能找到近似的替代品的情况下，期货套利者才能高抛低吸，纠正价格偏差，将市场带回有效状态。如果无法找到近似的替代品，套利者就无法进行这样的操作。
国内期货市场目前只有商品期货，同一个品种不同交割月份的标的商品几乎可以完全替代。因此，对于跨期套利而言，它的作用发挥得较好，不同交割月份的合约之间的价格偏差较容易被套利行为纠正。然而，跨商品套利和跨市场套利的作用显得稍微弱些，因为套利头寸的两条腿一般不能完全相互替代，如上海期货交易所的铜和铝、CBOT的大豆和大连商品交易所的大豆。这样就不可能通过直接转抛商品来兑现锁定的套利利润，而只有通过平仓对冲实现。一旦碰到套利力量不足，价格偏差会进一步扭曲，使期货套利者遭受损失，有时甚至不得不止损出局。因此，跨商品期货套利和跨市场期货套利一般比跨期期货套利的风险大，当然，潜在的利润也大。
2.噪音交易者风险
在噪音交易模型中，投资者被划分为理性套利者和噪音交易者两类，前者掌握较完全的基础信息，后者则根据与基础价值无关的噪音信息进行交易。噪音交易者往往会因为证券价格的上涨而过分乐观，从而进一步推高价格；同样地，他们会由于证券价格的下跌而过分悲观，从而进一步打压价格。这种由于噪音交易者心态变化导致对正常状态更远偏离形成的风险，我们称之为噪音交易者风险。
任何在短期进行期货套利的套利者都必须承受这种风险。噪音交易者风险会使得理性套利者的行为发生变异。他们可能会“理性地”忽视对基础信息的分析，而是转向预测噪音交易者的行为，使得操作方向与噪音交易者相同，从而使价格的涨跌加速。从这个意义上讲，理性套利者在一定程度上转化为噪音交易者，从而加大了证券价格的波动并削弱市场效率。套利者的这种行为倾向是导致套利有限性的主要原因。
3.套利的时间跨度
期货套利的时间跨度是套利者需要考虑的重要因素。短期内，价格偏差有进一步扭曲的风险。对于进行短期套利的套利者来说，当他们面对的交易对手是噪音交易者时，这种风险是最主要的，因为，在噪音交易者的心态恢复到正常水平前，他们还可能进一步走极端。大多数套利者管理的并非是自有资金，他们只是投资者的代理人。
通常情况下，投资者对期货套利者的评价是看他们在一个相当短期的表现，然后根据他们的工作业绩支付报酬。如果价格偏差持续的时间超过对套利者进行评价的时间，套利者的收入并不会增加，如果价格偏差进一步扭曲的话，他们的收入反而会减少。而且，由于大多数套利者在进行套利时都会向金融机构或者个人投资者融资，他们必须支付利息，如果价格进一步不利于套利者，随着浮亏的增大，清算风险也将接踵而至。此种风险也会降低套利者对噪音交易者风险的承受能力。
如果套利者考虑的时间跨度长于噪音交易者对证券看多或看空的持续时间，就会在价格偏差超出正常范围时进行套利，因为他们确信价格偏差会得到纠正。噪音交易者成为套利的重要障碍只发生在下述情况下：套利者考虑问题的时间跨度小于等于噪音交易者错误估价的持续时间。一般而言，套利者考虑问题的时间跨度越长，他们的交易越主动，市场也就越有效率。
4.挤空风险
期货套利交易必然涉及同时做多做空。在期货市场中，有时可能发生挤空现象。不管是什么类型的套利，如果做空的合约发生挤空现象，套利头寸往往是亏损的，当挤空行为得不到终止时，价格偏差将扭曲到难以想象的地步。在许多新兴市场中，对于挤空风险的担忧成了套利行为的最大障碍。
5.交易成本
交易成本是期货套利者需要考虑的另一个重要因素。在期市套利中，交易成本包括买卖期货合约的手续费，如果涉及实物交割，还需要支付交割手续费。此外，如果买卖缺乏流动性的合约，因较大的买卖价差而支付的相关成本可能会非常大，对套利者的限制也非常明显。有时候交易成本会非常高，即使套利成功了，交易成本也会占套利利润的相当大比重，例如沪铜的跨期套利。